В отделе выполняется широкий спектр исследований по следующим направлениям:
 
  • лабораторная диагностика бактериальных болезней млекопитающих животных, птиц, рыб, пчел, вызванных микроорганизмами 2–4-й групп патогенности (сибирская язва, туберкулез, сальмонеллез, листериоз, клостридиозы, гемофилезы, кишечные, стафилококковые инфекции и др.);
  • определение чувствительности клинически значимых микроорганизмов к антибиотикам;
  • бактериологическое исследование кормов по показателям безопасности, предусмотренным нормативной документацией, таким как сальмонеллы, анаэробы, пастереллы и т. д.;
  • санитарно-зоогигиенические исследования — смывы с поверхности объектов, подлежащих ветеринарному надзору, на колититр, кампилобактериоз, псевдомоноз, сальмонеллы, общую бакобсемененность; смывы на качество проведенной дезинфекции; молоко животных на мастит;
  • исследование пищевых продуктов животного происхождения на соответствие санитарно-гигиеническим требованиям к качеству и безопасности по микробиологическим показателям.

Отдел бактериологии оснащен современным оборудованием, позволяющим проводить исследования на самом высоком уровне: боксами биологической безопасности 2-го класса, термостатами, анаэростатами для культивирования анаэробных микроорганизмов, термостатом с CO2 и микроаэрофильными условиями, автоматическими автоклавами, автоматическим бактериологическим анализатором Vitek 2 Compact (BioMerieux), что дает возможность осуществлять высокоточную оценку чувствительности клинически значимых микроорганизмов к антибиотикам, а также исследовать практически все известные группы бактерий.

Широкое применение питательных сред нового поколения (хромогенных), предназначенных для быстрого выделения и одновременной идентификации микроорганизмов, ставит работу исследователей на современный уровень.

Ежегодно проводится 14–14,5 тыс. референтных исследований.